目的: 通過(guò)分析Fkbp51基因敲除(knock out,KO)與野生型(wild type,WT)小鼠肝臟表達(dá)譜,研究Fkbp51基因敲除對(duì)肝臟組織基因可變剪接的影響。
方法: 利用二代測(cè)序?qū)kbp51KO與WT小鼠肝臟進(jìn)行表達(dá)譜測(cè)序,用TopHat對(duì)RNA測(cè)序結(jié)果進(jìn)行可變剪接分析,篩選出KO與WT小鼠肝組織中差異的內(nèi)含子保留(intron retetion,RI)和外顯子跳躍(exon skipping,SE)。通過(guò)在線(xiàn)工具DAVID對(duì)這些差異可變剪接體進(jìn)行基因功能(gene ontology, GO)和代謝通路(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析,同時(shí)用NCBI基因數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)這些基因進(jìn)行注釋。
結(jié)果: (1)Fkbp51缺失可導(dǎo)致小鼠肝臟mRNA可變剪接發(fā)生變化;(2)Fkbp51基因敲除造成小鼠肝臟mRNA可變剪接表達(dá)量的變化;(3)通過(guò)GO與KEGG分析,我們發(fā)現(xiàn)這些發(fā)生差異可變剪切的基因主要與脂肪相關(guān)衍生物的代謝、免疫、膽汁酸分泌等通路相關(guān)。(4)與差異內(nèi)含子保留相關(guān)的基因主要與肌動(dòng)蛋白細(xì)胞骨架調(diào)控,氨基酸及其衍生物代謝相關(guān)。
結(jié)論: Fkbp51基因敲除能夠改變基因組中mRNA的可變剪切,進(jìn)而影響小鼠肝臟的代謝功能。