目的：篩選出能快速鑒定四種常用品系大鼠[Wistar大鼠?Goto-Kakizaki(GK)大鼠?Brown-Norway (BN)大鼠?Sprague-Dawley(SD)大鼠]的單核苷酸多態(tài)性(single nucleotide polymorphism, SNP)位點(diǎn)并驗(yàn)證其可靠性?

　　方法：首先對(duì)Wistar大鼠和GK大鼠進(jìn)行全基因組重測(cè)序,利用生物信息學(xué)技術(shù)將重測(cè)序結(jié)果比對(duì)到BN大 鼠參考基因組,篩查到Wistar大鼠和GK大鼠基因組范圍內(nèi)的特異性SNP,并從中進(jìn)一步篩選出一組候選SNP位 點(diǎn),再利用一代測(cè)序和DNA混合池法對(duì)以上候選SNP位點(diǎn)在Wistar?GK?BN?SD四種大鼠群體中進(jìn)一步篩查與驗(yàn) 證?

　　結(jié)果：Wistar和GK大鼠通過比對(duì)分別得到94800和106019 個(gè)純合特異性SNP,其中有56216 個(gè)SNP為 Wistar和GK大鼠所共有,且發(fā)現(xiàn)BN大鼠參考基因組?Wistar大鼠和GK大鼠三者基因型互不相同的位點(diǎn)僅有38 個(gè),從中挑選了15個(gè)作為候選SNP位點(diǎn),最終在Wistar?GK?BN?SD四種大鼠群體驗(yàn)證中得到13個(gè)可以區(qū)分四個(gè) 品系大鼠的SNP標(biāo)記及其在各個(gè)品系中的基因型?

　　結(jié)論：篩查并驗(yàn)證了能區(qū)分Wistar?GK?BN和SD四種大鼠的 13個(gè)SNP標(biāo)記,這些SNP標(biāo)記可快速區(qū)分出Wistar?GK?BN和SD大鼠?